In de zomer van 1979 vraagt Bing-kuan haar studievriend Shu-lan om te helpen op de bananenplantage van haar familie. Naarmate de tijd verstrijkt, ontwikkelen de twee meisjes in het geheim een romantische relatie. Ze besluiten later om vrijwilligerswerk te doen bij Formosa Magazine om de vrijheid van meningsuiting te bevorderen, maar hun ontluikende relatie wordt bedreigd als het Kuomintang-regime dissidente stemmen probeert te onderdrukken. Secrets of 1979 speelt zich af tijdens de periode van beleg in Taiwan en verweeft het persoonlijke met het politieke en vertelt een verhaal van jeugdige romantiek in turbulente tijden.